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Linux服務器托管用戶所使用的系統與Windows并不相同。一個好的文件管理系統能讓用戶對于服務器的管理變得更高效。通常情況下Linux服務器常用的較為成熟的文件管理器有以下幾種：
一款簡易的文件管理器，但功能豐富，致力于可用性。提供可選的方便的導航和信息顯示面板，支持拆分窗口，每個窗口可設置(和記憶)獨立的視圖屬性。支持多標簽頁瀏覽，右側采用可選的信息面板，可一鍵切換到可編輯的地址欄。此外，通過 KIO 還支持遠程和虛擬文件系統的文件管理，通過 Nepomuk 可標記文件和文件夾。
Double Commander
一款跨平臺的開源文件管理器，并排配有兩個信息面板。雙窗口多 TAB 標簽，支持 Unicode ，所有操作都在后臺工作。內置注冊表編輯器功能，可以編輯、建立、刪除系統注冊表項、鍵值，支持批量重命名。內置壓縮 / 解壓縮功能，并能把壓縮包視為文件夾，并有強大的復制 / 移動功能，能配置復制模式為同盤模式或異盤模式，復制文件的讀寫緩存大小。
Krusader
一款運行在 KDE 桌面或其它 Linux 系統下的文件管理器，提供了所有你可能需要的文件管理功能。比如：強大的檔案處理、文件系統掛載、(S)FTP文件傳輸、目錄同步、文件內容比較、批量重命名等。它內置了高級搜索模塊和內部查看器和編輯器，使用方便。
Midnight Commander
一款對用戶友好且強大的可視化字符界面文件管理器，功能豐富，使用簡單。允許復制、移動和刪除文件和整個目錄樹，支持搜索文件和在 subshell 中運行命令，內置內部查看器和編輯器。它可以運行在系統控制臺、xterm或者其他任何的偽終端設備。
Nautilus
一款簡潔的文件管理器，旨在適應 Gnome 桌面設計和行為，為用戶提供了導航和管理其文件的簡單方法。它注重安全性，任何有風險的操作都會顯示通知，并允許撤消。
Nemo
Cinnamon 默認的文件管理器，支持打開終端，使用 root 全新打開目錄。它帶有一個全導航選項，包括前進、后退、刷新等，可顯示文件操作進度信息，支持 GTK 書簽管理。
不同的管理器適合不同的框架方案，對于Linux服務器托管用戶來說根據自己的實際情況進行選擇是最正確的方案。
