二是維護企業商業秘密的挑戰。政府收集到的商業數據是為了治理之需，在滿足政府治理需求的同時，也要維護保護好企業的商業秘密，防止給企業帶不可預料的商業損失。對于國家安全而言，大數據是一把雙刃劍，既可以利用大數據維護國家安全，也可能因為大數據危及國家安全。歐美一些國家已經將大數據運用到國家安全領域，并取得一定成果。例如美國利用社交網站和互聯網金融平臺的分散海量信息，挖掘反恐情報。但在大數據時代，“國家安全的重要組成部門是信息安全”。
四是提高數據收集質量。大數據時代，整合不同系統的數據，重點在于數據定義的一致性和數據質量。從節約財政支出、提高數據利用效率、增加數據價值的角度，地方政府應該在數據收集質量方面嚴格把關，使收體到的數據是治理必須，而不是夾雜很多無用數據。
