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打造云端基因測序 華為云持續賦能生物信息產業

隨著我國人民生活水平的提高,人們對醫療保健的需求也在不斷增長,這也為技術創新、跨界融合以及商業模式創新提供了源源不斷的新動力。基因行業在這種時代的大背景下應運而生,并且已經在產前檢測、腫瘤檢測、藥物研發等精準醫療領域發揮著重大的作用。

基因技術被認為是改變未來的技術之一,也是開啟生命數字化的基石。正是基于這一點,具有前瞻性的公司在探索生命數字化,用個體化的基因數據去精準掌握個體健康狀況,制定干預措施,指導個體保持良好的健康狀態。

華大基因就是這樣的公司。華大集團成立于1999年,是全球領先的生命科學前沿機構。秉承“基因科技造福人類”的使命,懷抱“健康美麗,做生命時代的引領者”的愿景,華大集團以“產學研”一體化的發展模式引領基因組學的創新發展。

基因測序是測序儀將不可視化的生物信息轉換為可視化的文本信息,依托計算、存儲和網絡等IT資源,利用生物信息算法對文本信息進行分析和研究。這時一個強有力的IT基礎設施必不可少。華大基因與華為云展開積極合作,順利實現上云,實現了自動化測序分析能力。

云端基因測序

隨著生命科學技術的發展,基因測序也呈現了新的發展特征。比如標準化,基因測序需要確保其結果的嚴謹和可重復;行業規模化,基因測序技術已廣泛應用于醫療、農業、食品等多個領域,未來將呈現井噴式增長;平臺化,測序公司除了面向科研單位、制藥公司和醫療機構提供服務外,還可為保險、農業、IT等多個行業提供增值服務;親民化,測序技術不斷更迭,成本呈現超摩爾定律的下降,從“天價”下降至千美元,普通消費者均可享受技術紅利。不過這些變化也給基因公司的IT建設帶來了極大的挑戰。

比如如何在高峰快速響應最終客戶?測序業務一般為項目型,有明顯淡季和旺季之分,旺季業務量可能是淡季的10倍以上,本地資源不足以支撐峰值資源需求。

如何輕資產運營?按全年均值/峰值配置IT資源,一次性投入大、固定資產投入高、總成本高、建設周期長且出現資源閑置,容易出現資金鏈斷鏈影響公司整體運營,且3-5年后老舊設備需更新換代。

如何提升解讀效率?大部分業務軟件開源,軟件運行過程中未匹配合適的IT資源,導致相同業務流的資源負載不均衡,最終導致IT資源浪費、有效利用率低下,從而影響總體成本競爭力,如30X的WGS測序耗時從6小時到40小時不等,測序分析耗時長。

如何快速共享、可靠存儲和挖掘數據潛在價值?基因測序部分業務依賴大量樣本數據,數據積累過程中需存儲設備高可靠,且一定時間內無數據訪問需求,因此數據的存儲成本和管理成本日益凸顯,數據存儲的投入產出比較低。

從以上挑戰,我們可以看到采用云的IT資源交付形式對于基因公司而言可謂是“雪中送炭”。基因測序分為數據收集、測序分析(基因轉換、基因拼接、基因比對、基因注釋)、數據交付(數據歸檔/分發)等階段對于IT資源規格的需求也是多樣化,有的階段注重算力分析,有的階段注重可靠存儲。

此外,基因公司的不同發展階段也對IT架構有著不同的需求,起步階段是單點服務器,企業成長期是集群部署,市場業務擴張期則是本地集群與云的混合部署。作為一個新的行業,基因測序的IT人員匱乏,專業的人做專業的事,IT建設應該交給專業的人負責。

在基因測序的流程中,美國服務器租用,需要龐大的算力支持。從某種意義上說,生命科學的研究競賽,很多時候已經變成了一場算力的比拼。基因測序對算力的需求都是波動的,同時對于不同生物的基因組,需要的算力也不同,這就會牽扯到計算集群的擴縮容,但傳統的線下計算集群無法實現快速擴縮容,這也凸顯了云計算的便利性。總之,業務上云已經成為當下基因公司的必然選擇。

具體到華大基因,過去計算資源比較緊張,在使用峰值時,任務經常需要排隊等候;同時科技服務有很多復雜基因組,客戶需要借助不同規格的計算資源,所以云計算提供的靈活性是最好的選擇。經過選型,華大基因最終選了華為云

華大基因牽手華為云

2018年,華為云全球首家推出了以Kubernetes為基礎的基因容器服務GCS,基于輕量級的容器技術,結合大數據、深度學習算法,為測序廠商提供了靈活可定制的測序流程、秒級可伸縮的高可靠資源和便捷一站式用戶體驗,讓基因測序數據的計算更省、更快、更輕松。

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